1．图书馆2002年以前收藏的图书是按照《中国科学院图书馆图书分类法》（简称《科图法》）进行分类，此分类法把所有学科分为五个部类，二十五个大类及若干小类，读者可以依据所需图书的学科属性查找到该书的分类号。
| 00 马克思列宁主义、毛泽东思想 | 41 语言、文字学 | 55 天文学 |
| 10 哲学 | 42 文学 | 56 地质、地理科学 |
| 20 社会科学 （总论） | 48 艺术 | 58 生物科学 |
| 21 历史、历史学 | 49 无神论、宗教学 | 90 综合性图书 |
| 27 经济、经济学 | 50 自然科学 | 65 农业科学 |
| 37 文化、科学、教育、体育 | 51 数学 | 71 工程技术 |
| 34 法律、法学 | 52 力学 | 61 医药、卫生 |
| 36 军事、军事学 | 53 物理学 | |
| 31 政治、社会生活 | 54 化学 |
2．图书馆2003年以后入藏的图书是按照《中国图书馆分类法》（《中图法》）进行分类的，《中图法》把所有学科分为五个基本部类，二十二个大类及若干小类。
| C 社会科学 （总论） | N 自然科学总论 | S 农业科学 |
| D 政治、法律 | O 数理科学和化学 | T 工业技术 |
| E 军事 | Q 生物科学 | U 交通运输 |
| F 经济 | P 天文学、地球科学 | V 航天、航空 |
| G 文化、科学、教育、体育 | R 医药、卫生 | X 环境科学 |
| H 语言、文字 | X 环境科学 | Z 综合性图书 |
| K 历史、地理 | V 航天、航空 | U 交通运输 |
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